Suite à la stratégie de profondes tactique du précédent jeu Metal Gear Acid, Metal Gear Acid 2 dispose d'un système amélioré de gameplay stratégique axée sur la carte avec carte arme mises à niveau et plus de 500 cartes à utiliser. Le titre offre accrue de jeu tactique et de nouveaux effets visuels, y compris un mode 3D innovant bourré passionnant de gameplay et de remorques qui sont considérées avec des lunettes 3D spéciales. Comme le rôle du Top-secret agent, Solid Snake, joueurs déciderons calculé à planifier leur stratégie d'infiltration et accomplir la mission dans un jeu tour par tour.